server.properties сервер создаёт сам при первом запуске — рядом с jar-файлом, в той же папке, что ops.json и папка мира. Это обычный текст: строка вида ключ=значение. Сервер читает его при запуске, поэтому после правки его перезапускают. Значения по умолчанию ниже — ровно те, что пишет сам сервер Minecraft 26.3.
Собрать файл целиком, с готовыми наборами для друзей, выживания или анархии, — в генераторе server.properties. Кому какие команды можно — в уровнях оператора.