Список операторов сервер хранит в файле ops.json рядом с server.properties. Команды /op и /deop правят его сами; руками его меняют, когда нужно выдать уровень, отличный от op-permission-level:
[
{
"uuid": "069a79f4-44e9-4726-a5be-fca90e38aaf5",
"name": "Notch",
"level": 4,
"bypassesPlayerLimit": false
}
]
level — уровень от 0 до 4, bypassesPlayerLimit — пускать ли этого оператора, когда сервер полон («Сервер полон!»). Поправив файл руками, перезапустите сервер.