Prism Launcher позволяет запускать Minecraft Java Edition на SteamOS и хранить отдельные профили игры. Сама Java Edition изначально рассчитана на клавиатуру и мышь: управление Steam Deck нужно настроить через Steam Input или совместимый мод контроллера.
Начните с чистой игры. Большую сборку и шейдеры добавляйте после проверки входа, сохранения мира и всех нужных кнопок.