Для игры на Linux нужен клиент с графическим интерфейсом. Команды запуска серверного server.jar не открывают игровое окно. Развёртывание выделенного сервера описано отдельно в гайде по Linux VPS.
Для нескольких версий и модпаков удобно хранить независимые экземпляры в Prism Launcher. Проект распространяет Linux-сборки через Flatpak, AppImage и другие пакеты. Выбирайте один способ установки: две копии лаунчера могут иметь разные каталоги и создавать впечатление, что миры исчезли.